Più che il grub.conf, che comunque non fa mai male “backuppare”, andrebbe fatta una copia dell’mbr (dd if=/dev/sdX of=file_di_backup bs=512 count=1), ma a questo punto tantovale ri-installare grub con grub-install anzichè ripristinare il backup (dd if=file_di_backup of=/dev/sdX).
Rimane comunque il problema che ha accennato tuzzer, cioè la possibilità che Winzoz si inchiodi durante l’installazione perché trova partizioni ext3 o lvm a lui sconosciute (per quanto ricordo Windows 2000 non dovrebbe fare storie, ma XP sì, pero’ sono solo vaghi ricordi lontani e mi potrei sbagliare)
Se il dual boot è su due dischi separati, puoi staccare fisicamente il disco con Fedora mentre ri-installi Windows.
Quoto tuzzer anche per quanto riguarda il fatto di fare prima il backup dei dati importanti.