No, un file cifrato con un certo programma/algoritmo può essere decifrato solo con tale programma o algoritmo. Se si introduce una password per la criptazione la decriptazione viene fatta in base a questa password, è indifferente essere root o meno, bisogna conoscere la password.
In un sistema come Fedora, i file creati da un utente a partengono ad un gruppo e ad un utente e corrispondono al gruppo e all’utente che ha creato i file. Gli altri utenti su quella fedora non possono vedere o leggere quei file, a meno che non si impostino i vari permessi adeguatamente. Root ha sempre l’accesso a tutte queste informazioni e la possibilità di cambiarle a piacimento.
Il tutto dipende da che protezione vuoi mettere, da cosa vuoi proteggere e cosa vuoi fare.